中央研究院南部育成中心將以發展農業生技產業為主,協助個人或企業開發糧食作物、經濟花卉、經濟作物、生物性製劑、中草藥產品、檢測試劑等關鍵技術及衍生性商品開發,並與臺南學研單位合作共同進行技術開發及培育產業人才,以銜接學界之技術及人才縮短個人或企業開發之期程,加速新技術、新商品、新產業之育成,帶動臺南生技產業之永續發展。